La direction générale de l’alimentation (DGAL) conduit la politique de sécurité et de qualité sanitaires des aliments, des animaux et des végétaux au service de la santé et de la sécurité des consommateurs, dans le respect du bien-être animal et du développement durable des filières agricoles, agroalimentaires, piscicoles et forestières. La DGAL coordonne les interventions que les services mettent en oeuvre au sein des directions régionales de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt (DRAAF) et des directions départementales en charge de la protection des populations (DDecPP). Inscrite dans le cadre des normes internationales et des législations européenne et nationale en vigueur, cette politique sanitaire contribue largement à la compétitivité et à l’emploi des filières concernées.

L'année 2019 a de nouveau été marquée par la gestion de crises sanitaires ou menaces d'ampleur. Ainsi, la DGAL a immédiatement mis en place une cellule de crise à la suite de l’incendie de l’entreprise Lubrizol à Rouen le 26 septembre 2019 qui a permis de rapidement établir puis orienter les actions visant à garantir la qualité sanitaire des productions agricoles. Ces actions ont été rapportées régulièrement, dans un souci de transparence maximale et d'information des opérateurs économiques comme des riverains, à la cellule interministérielle ad hoc, la Commission nationale d'appui à la crise Lubrizol. Le directeur général de l’alimentation est désormais chargé de la coordination interministérielle de la surveillance sanitaire environnementale et alimentaire faisant suite à cet accident.

L'action des services de la DGAL s'est poursuivie pour prévenir l'introduction sur le territoire national de la peste porcine africaine, maladie virale des suidés qui sévit notamment en Belgique, et permettre à la France de rester indemne de cette maladie à très fort impact sanitaire et économique. Par ailleurs, la DGAL a assuré la gestion des suites données aux crises sanitaires récentes, liées notamment à l’influenza aviaire, à la fièvre catarrhale ovine ou encore à la bactérie phytopathogène Xylella fastidiosa.

La gestion de la sortie du Royaume-Uni de l'Union européenne, éventuellement sans accord, et les trois reports de l'échéance initialement prévue ont très fortement mobilisé les services de la DGAL en administration centrale et dans la principale région concernée, les Hauts-de-France, mais également dans une moindre mesure en Normandie et en Bretagne. Alors que 80 % du trafic à destination des autres États membres de l'Union européenne transitent par la France, cinq postes d'inspection frontaliers ont dû être créés et trois autres ont vu leurs capacités renforcées. Certains auront une activité permanente avec des équipes présentes 7 jours sur 7 et 24 heures sur 24, ce qui est inédit pour les services vétérinaires et phytosanitaires et nécessite des modalités spécifiques d’organisation du travail. Le ministère a ainsi procédé au recrutement, dans un laps de temps très court, de 181,5 ETP en 2019 sur les 185 ETP autorisés afin de se préparer à l’éventualité d’une sortie sèche du Royaume-Uni sans accord, nécessitant la réintroduction de contrôles  sanitaires. Par voie de conséquence, un relèvement du plafond d’emplois du programme 206 de 100 ETPT a été opéré en loi de finances rectificative et le besoin de financement induit en fin de gestion 2019 a été comblé par un décret de virement de 2,9 M€ en provenance du programme 143 « Enseignement technique agricole ». 

L'année 2019 est aussi marquée par la mise en œuvre des suites de la loi pour l'équilibre des relations commerciales dans le secteur agricole et alimentaire et une alimentation saine et durable, dite « loi EGAlim », promulguée en fin d'année 2018. Des dispositions ont notamment été élaborées pour séparer les activités de vente et de conseil à l'utilisation des produits phytosanitaires, renforcer la protection des riverains des cultures agricoles ou encore respecter l'objectif de 50 % de produits bio, de qualité ou durables dans la restauration collective à l'horizon 2022.

Enfin, une mission inter-inspections sur l’organisation des contrôles relatifs à la sécurité sanitaire des aliments, mandatée par les ministres chargés de l’agriculture, de l’économie, de la santé et de l’intérieur, a remis ses conclusions fin 2019.