La priorité du Grand plan d’investissement, dans le domaine de l’enseignement supérieur et de la recherche, est de soutenir à travers le PIA l’émergence d’acteurs répondant aux meilleurs standards internationaux, tant sur le plan académique que d’un point de vue organisationnel. Le caractère compétitif des procédures, le recours à des jurys à forte dimension internationale ainsi que le suivi rigoureux des projets soutenus garantissent la prise en compte de l’excellence et le caractère véritablement transformant de ces projets.

Les Initiatives d’excellence (IDEX), Laboratoires d’excellence (LABEX), Équipements d’excellence (EQUIPEX) et les Initiatives d’excellence en formations innovantes (IDEFI et IDEFI numériques) financés dans le cadre du PIA se caractérisent par une démarche globale de soutien à l’excellence innovante et structurante. Le PIA a ainsi fortement contribué à faire évoluer les mentalités, en favorisant une différenciation du système d’enseignement supérieur et de recherche qui permette à chaque site, à chaque regroupement et à chaque établissement de valoriser ses atouts spécifiques et de renforcer son attractivité.

Le PIA 3 vise ainsi un nouvel effet transformant sur le système d’enseignement supérieur et de recherche. Il contribue au renforcement du potentiel de recherche français, au développement de « grandes universités de recherche » de rang mondial et à l’émergence, sur tout le territoire, d’initiatives associant programmes de recherche d’excellence et formations innovantes. Il soutient les établissements qui souhaitent expérimenter de nouveaux modes d’organisation et/ou de gestion leur permettant de créer des synergies en matière de formation et de recherche, d’accroître leur visibilité internationale et de valoriser l’ensemble de leurs compétences et de leurs actifs, en accompagnant ou en tirant parti, le cas échéant, d’adaptations des cadres législatifs et réglementaires.

Les actions « Territoires d'innovation pédagogique » et « Nouveaux cursus à l'université » accompagnent ainsi la réforme du premier cycle des études supérieures, grâce à l’amélioration des dispositifs d’orientation, à la diversification et la professionnalisation des parcours au sein du cycle L et au renforcement de l'accompagnement pédagogique, afin de favoriser la réussite et l'insertion professionnelle des étudiants. Par ailleurs, la constitution de pôles pilotes de formation des enseignants et de recherche pour l’éducation vise à la fois à développer et à structurer une recherche pluridisciplinaire de haut niveau dans le domaine de l’éducation et à assurer le transfert des résultats de cette recherche vers les instituts nationaux supérieurs du professorat et de l’éducation (INSPE), afin d’irriguer la formation initiale et continue des professeurs, et vers les écoles et les établissements scolaires, de façon à expérimenter de nouvelles organisations et de nouvelles pratiques pédagogiques.

Le programme 421 « Soutien de l'enseignement et de la recherche » s'intègre ainsi pleinement au Grand plan d'investissement dont l'une des priorités vise le développement des compétences pour faciliter l'accès à l'emploi.

Les actions entreprises depuis 2018 se sont poursuivies en 2019. Les crédits de paiement (CP) ouverts en 2019 à hauteur de 212,5 M€ ont été intégralement versés à l'Agence nationale de la recherche (ANR) et la Caisse des dépôts et consignations (CDC) afin de financer les dispositifs en cours de mise en œuvre ainsi que les besoins issus des nouvelles vagues d'appels à projets lancées. Un montant de 250 M€ en autorisations d'engagement (AE) avait été reporté en 2019 sur l'action « Territoires d'innovation pédagogique » (TIP). Sur ces 250 M€, 18 M€ ont été annulés par la loi n° 2019-1270 du 2 décembre 2019 de finances rectificative pour 2019 (LFR 2019) et 232 M€ ont été reportés en 2020 pour faire l'objet d'un avenant à la convention correspondante entre l'Etat et la CDC (arrêté du 7 février 2020). Enfin, un redéploiement de 10 M€ en subventions en AE a été effectué en LFR 2019 depuis l'action « Équipements structurants de la recherche » (ESR) pour la poursuite du financement du plan « Nano 2022 » vers l'action  « Accélération du développement des écosystèmes d'innovation performants » (ADEIP) - volet « Technologies numériques » du programme 422.

Outre les objectifs stratégiques du programme, les 7 conventions conclues en 2017 entre l’État et respectivement, l’Agence nationale de la recherche et à la Caisse des dépôts précisent :

- la composition des comités de pilotage qui supervisent le processus de sélection des projets et le travail des comités d’experts. Les comités de pilotage proposent les décisions d’engagement, qui sont transmises pour décision formelle du Premier ministre sur avis du Secrétariat général pour l’investissement. Ils coordonnent les opérations de suivi des projets sélectionnés, en lien avec les opérateurs et les porteurs de projets ;

- le rôle des opérateurs, en charge notamment du suivi administratif et financier des ressources et des conventions de subvention conclues avec les porteurs de projets ainsi que du versement des subventions à leur profit.