Le budget global de l’ENIM, d’environ 1,6 Md€, recouvre l'ensemble des dépenses de ce régime social multi-risques, le programme de tutelle 197 ne contribuant qu’à la branche vieillesse mais représentant toutefois près de la moitié des produits de l’établissement. Les autres produits sont constitués des compensations en provenance de la sécurité sociale pour la branche maladie et la branche AT-MP, des cotisations et remboursement d’exonérations, des compensations et transferts, etc. À noter qu’un autre programme du budget général (le programme 205) contribue également aux produits de l’ENIM, s’agissant de compensations de contributions patronales (tous risques) dues par les d’armements de transport maritime soumis à concurrence internationale, pour un montant d’environ 41 M€ (environ 2,5 % des produits).

En dépenses, la branche « vieillesse » représente environ 2/3 du total des charges (pensions versées), et la « maladie » 1/3 des charges. S’agissant des dépenses de personnel et de fonctionnement administratif en général, la situation est inverse, la branche « vieillesse » représentant 1/3 des dépenses environ et la branche « maladie », environ 2/3 de ces dépenses administratives, en raison du volume d’actes plus importants à traiter pour la « maladie » ; une part significative de l’intervention des effectifs œuvrant pour la pension se réalise lors de la primo-liquidation dans la mesure où la carrière du marin doit être reconstituée par ligne de service et non par trimestre cotisé. Il convient d’insister sur le rôle de plus en plus important d’information et de conseil vis-à-vis des affiliés, part non négligeable de l’activité du centre des pensions.

La maîtrise des dépenses de gestion est un objectif prioritaire pour l’ENIM, dont les dépenses de fonctionnement sont encadrées par une Convention d’Objectif et de Gestion (ordonnance COG du 24 avril 1996). La première COG de l’ENIM avec l’État a été instituée au 1^er janvier 2013, la COG actuelle couvre la période 2016-2020.