Le programme « Recherche appliquée et innovation en agriculture » est chargé de soutenir la mise en œuvre d'actions de recherche appliquée, d'études et d'expérimentations (principalement réalisées par les instituts techniques), ainsi que de détecter les innovations de terrain, de permettre leur analyse et de faciliter leur diffusion. Leurs orientations scientifiques et techniques déclinent les priorités du Programme national de développement agricole et rural (PNDAR) pour la période 2014-2020 et concourent à la mise en œuvre de la transition agroécologique.

Trois orientations stratégiques ont été fixées pour le PNDAR 2014-2020 :

• augmenter l’autonomie et améliorer la compétitivité des agriculteurs et des exploitations françaises par la réduction de l’usage des intrants de synthèse ou ayant un impact sur la santé publique ou l’environnement, tout en maintenant des niveaux de production rémunérateurs ;

• promouvoir la diversité des modèles agricoles et des systèmes de production ;

• améliorer les capacités d’anticipation et de pilotage stratégique des agriculteurs et des acteurs des territoires.

Elles sont mises en œuvre selon trois objectifs opérationnels :

• favoriser le repérage, la production et la diffusion d’innovations sur les systèmes et les modes d’organisation ;

• construire des dynamiques territoriales innovantes en multi-partenariat ;

• optimiser la production, la capitalisation, la diffusion et l’usage des données, des méthodes, des outils et des résultats en misant sur leur interopérabilité ;

et quatre thématiques prioritaires :

• anticipation et adaptation aux dynamiques globales de changement ;

• conception et conduite de systèmes de production diversifiés et économiquement viables dans tous les territoires ;

• qualité et valorisation des produits ;

• renouvellement des générations et des formes d’exercice de l’activité agricole.

- le programme finance les actions de recherche à travers quatre volets :

les programmes pluriannuels, mis en œuvre par les instituts techniques agricoles, représentent 55% des dépenses. Ce mode de financement concerne les projets de recherche à moyen et long terme développés par les instituts techniques agricoles (ITA) et coordonnés par l’Association de coordination technique agricole (ACTA). Le contrat d’objectifs 2014-2020 signé entre le ministre de l’agriculture et de l'alimentation et le président de l’ACTA, constitue le cadre de référence à partir duquel les instituts techniques élaborent et conduisent leurs programmes d’actions pour toute la période 2014-2020. Le ministre de l’agriculture et l'alimentation approuve chaque année les actions prévues par les instituts techniques agricoles et l’ACTA dans le cadre de leurs programmes pluriannuels. Il se prononce après avis du conseil scientifique et technique de l’ACTA et fixe le montant maximum des subventions accordées pour leur financement ;

- les actions thématiques transversales constituent une modalité, introduite dans le PNDAR 2014-2020. Elles représentent 8 % des dépenses, et visent à mieux coordonner et mutualiser les travaux sur certaines thématiques prioritaires d’intérêt commun au réseau des ITA, qui étaient initialement traitées dans le cadre des programmes pluriannuels et annuels des ITA ou dans les appels à projets ;

- les appels à projets sont publiés annuellement et portent sur des thématiques de recherche définies par le ministre chargé de l’agriculture, en tenant compte des besoins des filières professionnelles et des attentes de la société. Ils représentent 34 % des dépenses. Ils s’inscrivent dans le cadre de l’action 3.2 - Soutien aux projets d’innovations collaboratives et territoriales du volet agricole du grand plan d’investissement visant à accompagner le développement des filières de produits agricoles, agroalimentaires, de l’aquaculture et de la pêche et accélérer la transformation de ces secteurs. Le volet agricole du GPI correspond, au sein de l’axe 3 du GPI (« Recherche appliquée et innovation (Ancrer la compétitivité sur l’innovation »), à l’initiative 26 (« Stimuler la transformation des filières agricoles et agroalimentaires »). Ces appels à projets sont largement ouverts. Peuvent notamment y répondre les organismes de recherche, les instituts techniques, les établissements d’enseignement agricole, les chambres d’agriculture, les bureaux d’études, etc. Les opérations financées sont choisies après évaluation par un jury spécifique ou un conseil scientifique.

En 2020, six appels à projets principaux seront financés :

- « Recherche technologique pour la compétitivité et la durabilité des filières de la production à la transformation »

- « Innovation et partenariat »

- « Semences et sélection végétale »

- « Expérimentation »

- « lutte contre le dépérissement du vignoble »

- De plus, un appel à proposition portant sur la contitution de "réseaux mixtes technologiques (RMT)" a été lancé en décembre 2018 et le jury de sélection se tiendra en novembre 2019. Les nouveaux RMT issus de cette sélection seront agréés pour la période 2020-2024.

- enfin,  3 % des dépenses du programme 776 soutiennent des « actions d’accompagnement » des programmes pluriannuels portant sur la mise en œuvre des chantiers nationaux du PNDAR, des problématiques d'actualité ou des situations d'urgence.

Afin de préserver la diversité de l’agriculture et sa capacité à produire, l’objectif poursuivi par le ministère est de conjuguer la recherche de la performance économique et de la performance écologique, non seulement pour intégrer la dimension environnementale et sanitaire à la production agricole, mais également pour valoriser les apports de l’agriculture à l’environnement en y intégrant la performance sociale. Pour pouvoir anticiper l’avenir, le ministère de l’agriculture et de l'alimentation peut s’appuyer ainsi sur un réseau d’organismes de recherche et d’instituts techniques agricoles performants.